A cidade sede do município é originária da antiga colônia agrícola de Mucajaí, fundada em 1951, nomeada de Colônia Agrícola Fernando Costa.
Ele foi criado pela Lei Federal Nº 7.009, em julho de 1982, com terras desmembradas da Capital do Estado.
Durante o primeiro governo de Getúlio Vargas, o país estabeleceu as bases de uma política de Integração Nacional da Amazônia, buscando ampliar suas áreas de colonização sob o pretexto de preservação de sua soberania. Nesse período foi criado, através de Decreto-Lei nº. 5.812, o Território Federal do Rio Branco (que viria a se converter no Estado de Roraima), desmembrando terras do Estado do Amazonas, no dia 13 de Setembro de 1943.
O primeiro Governador do Território Federal do Rio Branco, Ene Garcez Reis, visava promover um verdadeiro desenvolvimento agrícola. Durante uma dessas tentativas surge (na região do atual Município de Mucajaí) o nucleamento das famílias de emigrantes nordestinos, dando origem em 1951 a Colônia Agrícola Fernando Costa, atual Município de Mucajaí.
